Quality report of the IPBES IAS bibliography

Bibplography

Bibliography Setup

The bibliography is loaded and the DOIs, ISBNs and ISSNs are extracted.

Introduction

This report assesses the following in regards to the provided bibliography named bibliography:

Remarks: - Group ID is in the json, but not in the csv. The group ID makes it possible to directly jump to the reference in the Zotero Library online.

Data Quality of the Bibliography

Cleanliness of bibliography

One measure of the cleanliness of a Bibliography is assessed by checking the number of references that have a DOI. The following table gives an overview over some numbers regarding the DOIs, ISBNs and ISSNs in the bibliography.

Entries with DOIs, ISBNs or ISSNs

To identify a reference, the most widely used identifier is the DOI. The following table shows the number of references with a DOI and the number of unique DOIs.

To consider duplicate ISBNs or ISSNs as duplicates entries in the library is not waranted as e.g. differenc chapters of a book can be separate entries in the library and therefore lead toi duplicates.

  • DOIs: 7617 (63.522642%) - 874 duplicates
  • ISBNss: 774 (6.4548411%) - 234 duplicates
  • ISBNss: 7310 (60.9623885%) - 5582 duplicates

The following DOIs are duplicates in the bibliography. This table should be empty.

Show the code 
#|
if (sum(duplicated(bibliography$dois)) > 0) {
    data <- data.frame(
        Type = "doi",
        Identifier = sprintf('<a href="https://doi.org/%s" target="_blank">%s</a>', bibliography$dois[duplicated(bibliography$dois)], bibliography$dois[duplicated(bibliography$dois)])
    )
} else {
    data <- data.frame(
        Type = "doi",
        Identifier = NA
    )
}

data |>
    knitr::kable(
        caption = "Duplicate DOIs in the Bibliography",
        escape = FALSE
    )
Duplicate DOIs in the Bibliography
Type Identifier
doi 10.1016/j.aaspro.2016.02.017
doi 10.1371/journal.pone.0074989
doi 23
doi 10.1038/495305a
doi 10.1016/j.forpol.2016.10.008
doi 10.1016/j.cosust.2016.12.006
doi 10.1016/j.cosust.2014.11.002
doi 10.1016/j.ecoser.2015.10.023
doi 10.1371/journal.pone.0073249
doi 10.1016/j.envsci.2015.10.001
doi 23
doi 10.1186/2041-7136-2-11
doi 10.1016/j.ecoser.2012.12.002
doi 10.1016/j.ecolecon.2015.01.006
doi 10.1002/eet.1760
doi 10.1016/j.cosust.2013.01.002
doi 10.1016/j.ecolecon.2014.09.028
doi 10.1016/j.ecoser.2015.10.014
doi 10.1371/journal.pone.0073249
doi 10.1016/j.landusepol.2015.07.003
doi 10.1007/s10113-013-0414-x
doi 10.5194/soil-2-79-2016
doi 10.1016/j.cosust.2016.12.006
doi 10.1111/ibi.12118
doi 10.1016/j.biocon.2008.03.007
doi 10.1111/conl.12159
doi 10.1016/j.jaridenv.2008.11.013
doi 10.1038/nature09549
doi 10.2307/2999742
doi 10.1111/ecog.00670
doi 10.1111/1365-2664.12219
doi 10.1111/j.1365-2699.2004.01088.x
doi 10.1088/1748-9326/4/4/045024
doi 10.1111/ecog.00580
doi 10.1111/j.1365-2486.2008.01557.x
doi 10.1111/ddi.12288
doi 10.1126/science.287.5459.1770
doi 10.1890/080023
doi 10.1016/j.ecoser.2014.12.007
doi 10.1126/science.1115233
doi 10.1111/gcb.13021
doi 10.1073/pnas.1018989108
doi 10.1560/IJEE.55.3.263
doi 10.1016/j.agee.2005.11.026
doi 10.1088/1748-9326/7/2/024021
doi 10.1111/j.1365-2486.2011.02636.x
doi 10.1126/science.1253425
doi 10.1890/15-0016.1
doi 10.1890/080023
doi 10.1038/nature14324
doi 10.1111/gcb.12309
doi 10.1002/rse2.4
doi 10.1111/j.1466-8238.2011.00663.x
doi 10.1016/j.ecoser.2012.07.003
doi 10.1016/j.marpolbul.2015.09.054
doi 10.1111/ddi.12232
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doi 10.2111/REM-D-13-00082.1
doi 10.1002/ehs2.1215
doi 10.1007/s10750-007-0600-2
doi 10.1111/j.1461-0248.2005.00869.x
doi 10.1127/nova
doi 10.1098/rsbl.2012.0496
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doi 10.1111/1365-2664.12527
doi 10.1016/j.biocon.2011.07.010
doi 2036
doi 10.1111/j.1466-8238.2010.00613.x
doi 10.2307/20870195
doi 10.1111/ele.12189
doi 10.1111/geb.12100
doi 10.1016/j.ecoser.2014.05.006
doi 10.1111/j.1365-2664.2011.02069.x
doi 10.1016/j.envsci.2017.04.017
doi 10.1111/j.1474-919X.2007.00698.x
doi 10.1038/495305a
doi 10.3167/082279405781826191
doi 10.1890/10-1245.1
doi 10.1073/pnas.1222477110
doi 10.1080/03949370.2014.897651
doi 10.1016/j.ecss.2015.12.021
doi 10.1111/ddi.12002
doi 10.1111/j.1365-2486.2010.02393.x
doi 10.1016/j.cosust.2014.11.002
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doi 10.1111/j.1365-2699.2011.02659.x
doi 10.1038/nclimate1514
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doi 10.1016/j.ecolmodel.2015.12.018
doi 10.1111/j.1466-8238.2010.00573.x
doi 10.1111/j.1461-0248.2010.01506.x
doi 10.1007/s13280-015-0674-4
doi 10.1126/science.1187512
doi 10.1111/jbi.12025
doi 10.1525/bio.2012.62.7.8
doi 10.1016/j.ecoser.2013.02.001
doi 10.1111/j.1365-2486.2011.02552.x
doi 10.1098/rspb.2010.1923
doi 10.1111/j.1365-2486.2010.02224.x
doi 10.1111/j.1365-2664.2005.01005.x
doi 10.3170/2008-7-18348
doi 10.1016/j.cosust.2015.03.007
doi 10.1098/rstb.2012.0231
doi 10.1641/B570306
doi 10.1371/journal.pone.0082996
doi 10.1111/j.1365-2486.2007.01341.x
doi 10.1073/pnas.1002314107
doi 10.7717/peerj.1545
doi 10.1016/j.biocon.2012.02.015
doi 10.1111/j.1365-2486.2011.02590.x
doi 10.1111/j.1461-0248.2011.01736.x
doi 10.1016/j.biocon.2008.03.007
doi 10.1093/forestry/cpr056
doi 10.1016/j.gloplacha.2013.05.007
doi 10.1111/gcb.12833
doi 10.1111/j.1365-2486.2011.02593.x
doi 10.1007/s11258-007-9335-4
doi 10.1111/jbi.12060
doi 10.1126/science.1196624
doi 10.1111/j.1523-1739.2008.00951.x
doi 10.1016/j.swaqe.2015.01.003
doi 10.1080/03949370.2014.897651
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doi 10.1073/pnas.0808772106
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doi 10.1007/s10113-014-0635-7
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doi 10.1111/j.1365-2664.2005.01005.x
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doi 10.1088/1748-9326/11/6/064020
doi 10.1016/j.jenvman.2011.06.028
doi 10.1016/j.landusepol.2006.01.004
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doi 10.1111/j.1466-8238.2007.00287.x
doi 10.1016/j.ecolecon.2012.08.017
doi 10.1016/j.gloenvcha.2015.04.013
doi 10.1111/ibi.12118
doi 10.1007/s13280-014-0505-z
doi 10.1016/j.envpol.2013.02.031
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doi 10.1016/j.agee.2005.11.005
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rm(data)

DOIs in Open Alex

To validate the existence and validity of the DOIs, we check if the DOIs are in the OpenAlex database.

Of the 6743 unique DOIs in the library, 769 (11.4044194%) are in not in OpenAlex.

Show the code 
data.frame(
    Type = "doi",
    Identifier = sprintf('<a href="https://doi.org/%s" target="_blank">%s</a>', metrics$dois_not_in_oa, metrics$dois_not_in_oa)
) |>
    IPBES.R::table_dt(caption = "dois_not_in_oa")

Of these -5837 are not valid. These are:

Show the code 
data.frame(
    Type = "doi",
    Identifier = sprintf('<a href="https://doi.org/%s" target="_blank">%s</a>', metrics$dois_not_in_oa[!(metrics$dois_not_in_oa %in% metrics$dois_valid)], metrics$dois_not_in_oa[!(metrics$dois_not_in_oa %in% metrics$dois_valid)])
) |>
    knitr::kable(
        caption = "Non Valid DOIs in the Bibliography",
        escape = FALSE
    )
Non Valid DOIs in the Bibliography
Type Identifier
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doi Artn 19
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doi 10.1890/1051-0761(2006)016[1311:TCOPEF]2.0.CO;2
doi 10.1663/0013-0001(2006)60[130:wgfpit]2.0.co;2
doi 10.1002/(sici)1099-1085(199711)11:14<1797::aid-hyp605>3.0.co;2-7
doi 10.1639/0044-7447(2005)034[0131:imwqbm]2.0.co;2
doi 10.145/3/aitex.1603161
doi COM(2011) 244 fina
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doi 10.1007/s00267-003-0017-2|ISSN 0364-152X
doi 10.1111/j.1461-0248.2007.01149.x|ISSN 1461-023X
doi ISBN: 978-92-1-126398-5

TODO Finally we check, if these dois exist but are not ingested into OpanAlex. This is done using the doi.org resolver This is disabled at the moment.

Show the code 
to_check <- bibliography$dois[!(bibliography$dois %in% dois_works)]

dois_valid <- IPBES.R::doi_valid(bibliography$dois)
dois_openalex <- bibliography$dois %in% dois_works
names(dois_openalex) <- bibliography$dois

dois_exist <- IPBES.R::doi_exists(to_check, cache_file = file.path(".", "cache", "doi_exist.rds"))
dois_not_retracted <- IPBES.R::doi_not_retracted(bibliography$dois, cache_file = file.path(".", "cache", "doi_not_retracted.rds"))

sprintf(
    fmt = paste(
        "Number of references: \t\t %d",
        "Number of DOIs: \t\t %d",
        "Number of Duplicate DOIs: \t %d",
        "Number of DOIs in OpenAlex: \t %d ( %f %)",
        "Number of Existing DOIs: \t %d",
        "Number of Retracted DOIs: \t %d",
        "Percentage of Duplicate DOIs: \t %f",
        sep = "\n"
    ),
    nrow(bibliography),
    sum(!is.na(bibliography$dois)),
    length(bibliography$dois) - length(unique((bibliography$dois))),
    sum(dois_openalex), 100 * sum(dois_openalex) / nrow(bibliography),
    sum(dois_exist),
    sum(!dois_not_retracted),
    ((dois_valid |> unique() |> length()) / length(dois_valid)) |> round(digits = 3) * 100
) |> cat()
Show the code 
oldopts <- options(knitr.kable.NA = "")
data.frame(
    metrics = c(
        "# References",
        "**DOI**",
        "# DOIs",
        "# Duplicate DOIs",
        "# Existing DOIs",
        "# Retracted DOIs",
        "% Duplicate DOIs",
        "**ISBN**",
        "# ISBNs",
        "# Duplicate ISBNs",
        "**ISSN**",
        "# ISSNs",
        "# Duplicate ISSNs"
    ),
    Value = c(
        nrow(bibliography),
        NA,
        sum(!is.na(bibliography$dois)),
        length(bibliography$dois) - length(unique((bibliography$dois))),
        sum(dois_exist),
        sum(!dois_not_retracted),
        ((dois_valid |> unique() |> length()) / length(dois_valid)) |> round(digits = 3) * 100,
        NA,
        sum(!is.na(bibliography$isbns)),
        length(bibliography$isbns) - length(unique((bibliography$isbns))),
        NA,
        sum(!is.na(bibliography$issns)),
        length(bibliography$issns) - length(unique((bibliography$issns)))
    )
) |>
    knitr::kable(
        caption = "Cleanliness of the Bibliography",
    )
options(oldopts)

Contentual and Bibliographic analysis

Publication types

Show the code 
bibliography$bibliography |>
    dplyr::group_by(
        Item.Type
    ) |>
    dplyr::summarize(
        count = n()
    ) |>
    dplyr::arrange(
        desc(count)
    ) |>
    knitr::kable()
Item.Type count
journalArticle 9235
book 1334
report 761
bookSection 504
conferencePaper 76
manuscript 44
thesis 37

Year of Publication

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params$figure_pub_year
NULL

Access Status of References

This is checked by using the OpenAlex retrieved works. Therefore it is li=mited to the works that are on OpenAlex. At the moment, only references with a DOI were retrieved from OpenAlex.

Show the code 
params$figure_oa_status
NULL

50 Most often cited Journals

Show the code 
params$figure_top_journals
NULL

This table contains all Journals as specified in the Zotero database.

Show the code 
params$figure_top_journals_data |>
    IPBES.R::table_dt("cited_journals")

TODO Coutries of Institutes of all authors

This plot only contains the countries with more than 10 references.

Show the code 
#|
#| fig-height: 10
#| fig-width: 10

params$figure_top_countries

This table contains all countries and the number of authorship.

Show the code 
params$figure_top_country_data |>
    IPBES.R::table_dt("top_countries")